Un homme simple d'esprit fait l'objet d'une expérience scientifique basée sur la réalité virtuelle. Son intelligence se développe de manière extraordinaire, jusqu'à lui conférer des pouvoirs parapsychologiques, mais dans le même temps son équilibre mental est de plus en plus perturbé.

Le sorcier maléfique Shang Tsung veut obtenir le contrôle absolu du monde. Ce sera chose faite quand le prince Goro, son poulain qu'il prépare depuis des siècles, remportera le tournoi Mortal Kombat, qui réunit les meilleurs guerriers. Pour contrecarrer les plans du sorcier, le seigneur Lord Rayden, le dieu du Tonnerre, décide de lui opposer trois valeureux combattants, Liu Kang, Johnny Cage et Sonya Blade.