En Irlande, au temps des superstitions et de la magie, Robyn, une jeune fille de 11 ans, aide son père à chasser la dernière meute de loups. Mais un jour, lors d'une battue en forêt, Robyn rencontre Mebh, petite fille le jour, louve la nuit. Désormais pour Robyn, ayant rejoint elle aussi le peuple des loups, la menace ne vient plus des loups, mais bien des hommes !

Kubo, un jeune garçon aussi intelligent que généreux, vit avec sa mère dans un petit village de bord de mer. Il gagne chichement sa vie grâce à son don pour conter des histoires en donnant vie à des origamis. Cependant, cette existence paisible est bouleversée quand, par erreur, il invoque un démon assoiffé de vengeance. Kubo s'engage alors dans une quête épique pour percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï que le monde ait jamais connu.

C'est l'histoire d'un garçon solitaire de neuf ans qui vient de perdre sa mère, et d'une Bête seule, qui vivent chacun dans deux mondes séparés. Un jour, le garçon se perd dans le monde des Bêtes où il devient le disciple de la Bête Kumatetsu qui lui donne le nom de Kyuta. Cette rencontre fortuite est le début d'une aventure qui dépasse l'imaginaire.